El Centro acoge a través de distintos procedimientos interpretativos y explicativos, como dioramas, paneles y recursos audiovisuales y sonidos interactivos, los dominios ambientales más significativos de la zona: el Tajo Internacional, la Sierra de San Pedro y la dehesa.
Existen tres secciones diferenciadas:
Sección 1. En la primera sección se encuentra una maqueta del Parque Natural Tajo Internacional. Además, a través de varios paneles explicativos e interpretativos el visitante podrá conocer el patrimonio histórico-cultural y natural de Santiago de Alcántara. Esta primera sección ofrece dos grandes paneles: el primero hace referencia a los pobladores del neolítico en la zona y el otro es una cliserie (clasificación de especies vegetales según los ecosistemas de río, dehesa y sierra)
Sección 2. Nos encontramos con un espacio intermedio donde se recrean los ecosistemas de rivera y de dehesa a través de dioramas, paneles y sonidos interactivos.
Sección 3. Donde antiguamente estuvo el altar de la antigua ermita, hoy está una recreación de la Sierra de San Pedro, diferenciando a través de dioramas y paneles explicativos e interpretativos dos zonas características: la umbría y la solana de la sierra.
El Centro se completa además, con un audiovisual de Santiago de Alcántara y un Planetario. Este último recurso lo constituye un proyector de estrellas, que aprovecha la cúpula de la ermita como superficie de proyección. Permite al visitante recrearse con las diversas constelaciones que pueden observarse durante la noche.
